Sách Đại Nam Nhất Thống Chí do Quốc sử quán triều Nguyễn thời Tự Đức biên soạn mô tả vị trí phong thủy của chùa như sau:”… đuôi núi Châu Thới đi ngang qua phía Bắc, chẻ ra một chỉ chạy đến phường Tuy Long thì dừng lại và đột khởi lên một gò cao, trên bằng phẳng, rộng rãi, nhiều cổ thụ, hoa cỏ tự nhiên. Hai bên có hang động, nước chảy quanh, nhà dân ở quanh theo. Cảnh vật u tịch”. Chùa được xếp hạng Di tích kiến trúc nghệ thuật quốc gia từ năm 1993.
Từ thuở khai lập cho đến nay, chùa trải qua 13 đời sư trụ trì. Chính điện một lần được trùng kiến và mở rộng, bốn lần được trùng tu, thêm nhiều công trình kiến trúc được xây mới.Chùa Hội Sơn trở thành một quần thể giao thoa kiến trúc và tín ngưỡng văn hóa Việt, Hoa, Kh’mer.
Chính điện được kiến trúc theo lối Bắc Tông. Tường gạch, mái lợp ngói âm dương, nền lát gạch nung đỏ. Điện bài trí theo nguyên tắc tiền Phật, hậu Tổ. Tiền đường thờ bộ tượng Tây Phương Tam Thánh. Hai bên thờ Hộ Pháp. thập bát La Hán, Quan Âm Thị Kính…
Phía sau chính điện thờ tượng Hòa thượng Đạo Thành Khánh Long, chân dung 3 vị Tổ sư (những người đắc đạo tại chùa Khánh Long đã có công khai sơn chùa ở một số địa phương khác), bàn thờ Ni sư Như Thanh, Ni sư Như Tiên và Đại đức trụ trì gần đây nhất. Lối lên điện thờ Quan Công uốn lượn, xây thành.
Mặc dù có pha trộn về kiến trúc nhưng nổi bật nhất vẫn là nét trầm tư, u tịch của chùa phái Bắc Tông truyền thống của người Việt. Nét giao thoa tín ngưỡng Phật giáo của người Việt và người Kh’mer là Đại tượng Bổn sư tọa thiền dưới lọng. Lọng ở tượng tại chùa Hội Sơn là đầu rồng, chùa của người Kh’mer là lọng đầu rắn. Điện thờ Quan Công mà người ta hay gặp trong các chùa của người Hoa thể hiện sự giao thoa tín ngưỡng giữa người Việt và người Hoa.
Hòa thượng đương kim trụ trì Thích Thiện Hảo cho biết: trải qua biến thiên của thời gian, một số tượng cổ như ông Nhật, bà Nguyệt bị thất thoát nhưng một số hiện vật có giá trị về lịch sử và tinh thần Phật giáo Đại Thừa vẫn được bảo tồn nguyên vẹn. Chính điện thờ bức Đại tự “Đại Đức Hồng Danh” của vua Khải Định ban nhân dịp vua về vãn cảnh chùa. Bốn cây đại trụ vẫn trường tồn cùng với đôi câu đối chữ đại ý: trên hội Lăng Nghiêm, hội Đại Bi, hội nào cũng cầu cho nước thịnh dân an.
Chùa thường tổ chức các khóa lễ cầu kinh, phóng sinh và tham gia nhiều hoạt động xã hội. Ngày rằm, mồng một, khách thập phương về viếng chùa rất đông. Nằm ở vị trí đẹp, cỏ cây, sông nước hữu tình, chùa còn là điểm đến của nhiều thiện nam tín nữ trẻ. Họ vãn cảnh chùa và cầu duyên. Bà con phật tử về dự lễ.
